Ο Θόδωρος Παπαγιάννης γεννήθηκε στο Ελληνικό Ιωαννίνων, σπούδασε στην Α.Σ.Κ.Τ. Αθηνών µε υποτροφία και δάσκαλο τον Γιάννη Παππά. Μελέτησε µε διετή υποτροφία εσωτερικού του ΙΚΥ την αρχαιοελληνική τέχνη και την τέχνη της ευρύτερης περιοχής της Μεσογείου. Το 1969 συνέχισε τις σπουδές του µε μια σειρά από ενημερωτικά ταξίδια τόσο στο Μεσογειακό χώρο, τον οποίο θεωρεί κοιτίδα του πολιτισμού και πηγή ανεξάντλητη, όσο και στην Ευρώπη. Ταξίδεψε στην Κρήτη, στην Αίγυπτο, στα παράλια της Μικράς Ασίας και στην Κωνσταντινούπολη.
Άρχισε την πανεπιστημιακή του καριέρα το 1970 µε τον διορισμό του ως βοηθός στην Α.Σ.Κ.Τ. στο εργαστήριο γλυπτικής του Γιάννη Παππά.